Results: Haplotype Inference by Pure Parsimony Tools

Database with HIPP solutions (accuracy)

  Last Update: March 2010

This table presents the number of haplotypes required by each HIPP solver (RTIP, HAPAR, PolyIP, HybridIP, SHIPs, RPoly, Haplo-ASP, HaploPPH, Satlotyper) on a set of 1183 problem instances. Results were obtained on an Intel Xeon 5160 server (3.0GHz, 4GB RAM) running Red Hat Enterprise Linux WS 4. Time is limited to 1000 seconds and memory is limited to 3GB RAM. Table entries with no result mean that the solver exceeded the time or the memory available. Table entries in red present values that do not provide the same number of haplotypes given by other solvers or which can be proved to exceed an upper bound.
Instance RTIP HAPAR PolyIP HybridIP SHIPs RPoly v1.2 Haplo-ASP HaploPPH Satlotyper
simp-abcd_10.01 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-abcd_10.02 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-abcd_10.03 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-abcd_10.04 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-abcd_10.05 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-abcd_10.06 8 8 8 8 8 8 9 8 8
simp-abcd_10.07 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-abcd_10.08 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-abcd_10.09 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-abcd_15.01 14 14 14 14 14 14 14 14 14
simp-abcd_15.02 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-abcd_15.03 15 15 15 15 15 15 15 15 15
simp-abcd_15.04 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-abcd_15.05 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-abcd_15.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-abcd_15.07 15 15 15 15 15 15 15 15 15
simp-abcd_15.08 14 14 14 14 14 14 14 14 14
simp-abcd_15.09 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-abcd_20.01 15 15 -- -- 15 15 15 15 15
simp-abcd_20.02 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-abcd_20.03 16 16 -- -- 16 16 16 16 16
simp-abcd_20.04 18 -- -- -- 18 18 18 18 18
simp-abcd_20.05 15 15 15 15 15 15 15 15 15
simp-abcd_20.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-abcd_20.07 14 14 14 14 14 14 14 14 14
simp-abcd_20.08 15 15 -- -- 15 15 15 15 15
simp-abcd_20.09 15 15 -- -- 15 15 15 15 15
simp-abcd_25.01 17 17 -- -- 17 17 17 17 17
simp-abcd_25.02 15 15 -- -- 15 15 15 15 15
simp-abcd_25.03 17 17 17 17 17 17 17 17 17
simp-abcd_25.04 16 16 -- -- 16 16 16 16 16
simp-abcd_25.05 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-abcd_25.06 15 15 15 15 15 15 15 15 15
simp-abcd_25.07 19 19 -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_25.08 18 18 -- -- 18 18 18 18 18
simp-abcd_25.09 16 16 -- -- 16 16 16 16 16
simp-abcd_30.01 22 -- -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_30.02 19 -- -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_30.03 25 -- -- -- 25 25 25 -- 25
simp-abcd_30.04 18 18 -- -- 18 18 18 18 18
simp-abcd_30.05 19 19 -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_30.06 21 21 -- -- 21 21 21 21 21
simp-abcd_30.07 20 20 -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_30.08 19 19 -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_30.09 18 18 -- -- 18 18 18 18 18
simp-abcd_35.01 15 15 15 15 15 15 15 15 15
simp-abcd_35.02 19 19 -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_35.03 25 -- -- -- 25 25 25 -- 25
simp-abcd_35.04 19 19 -- -- 19 19 19 19 19
simp-abcd_35.05 24 -- -- -- 24 24 24 24 24
simp-abcd_35.06 20 -- -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_35.07 21 -- -- -- 21 21 21 21 21
simp-abcd_35.08 22 -- -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_35.09 20 20 -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_40.01 23 -- -- -- 23 23 23 -- --
simp-abcd_40.02 24 -- -- -- 24 24 24 24 24
simp-abcd_40.03 20 20 -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_40.04 20 20 -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_40.05 26 -- -- -- 26 26 26 26 26
simp-abcd_40.06 26 -- -- -- 26 26 26 26 26
simp-abcd_40.07 22 -- -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_40.08 24 -- -- -- 24 24 24 24 24
simp-abcd_40.09 21 -- -- -- 21 21 21 21 21
simp-abcd_45.01 24 -- -- -- 24 24 24 -- 24
simp-abcd_45.02 22 22 -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_45.03 26 -- -- -- 26 26 26 26 26
simp-abcd_45.04 24 -- -- -- 24 24 24 24 24
simp-abcd_45.05 22 22 -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_45.06 31 -- -- -- 31 31 31 -- 31
simp-abcd_45.07 23 23 -- -- 23 23 23 23 23
simp-abcd_45.08 21 -- -- -- 21 21 21 21 21
simp-abcd_45.09 20 -- -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_50.01 22 22 -- -- 22 22 22 22 22
simp-abcd_50.02 27 -- -- -- 27 27 27 27 27
simp-abcd_50.03 24 24 -- -- 24 24 24 24 24
simp-abcd_50.04 28 -- -- -- 28 28 28 28 28
simp-abcd_50.05 26 -- -- -- 26 26 26 26 26
simp-abcd_50.06 24 -- -- -- 24 24 24 -- 24
simp-abcd_50.07 27 -- -- -- 27 27 27 27 27
simp-abcd_50.08 20 20 -- -- 20 20 20 20 20
simp-abcd_50.09 18 18 -- -- 18 18 18 18 18
simp-abcd_5.01 7 7 7 7 7 7 7 7 7
simp-abcd_5.02 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-abcd_5.03 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-abcd_5.04 5 5 5 5 5 5 5 5 5
simp-abcd_5.05 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-abcd_5.06 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-abcd_5.07 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-abcd_5.08 7 7 7 7 7 7 7 7 7
simp-abcd_5.09 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-ace_10.01 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-ace_10.02 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_10.03 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-ace_10.04 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_10.05 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_10.06 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_10.07 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_10.08 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_10.09 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_15.01 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_15.02 12 -- 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_15.03 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_15.04 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_15.05 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_15.06 12 -- 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_15.07 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-ace_15.08 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-ace_15.09 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_20.01 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_20.02 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_20.03 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_20.04 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_20.05 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-ace_20.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_20.07 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_20.08 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_20.09 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_25.01 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_25.02 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-ace_25.03 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_25.04 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_25.05 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_25.06 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_25.07 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_25.08 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_25.09 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_30.01 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_30.02 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_30.03 13 -- -- 13 13 13 13 13 13
simp-ace_30.04 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_30.05 13 -- 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_30.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_30.07 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_30.08 13 13 -- -- 13 13 13 13 13
simp-ace_30.09 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_35.01 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.02 13 -- 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.03 13 13 -- -- 13 13 13 13 13
simp-ace_35.04 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.05 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.06 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.07 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_35.08 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_35.09 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.01 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.02 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.03 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.04 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.05 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.06 13 13 13 -- 13 13 13 13 13
simp-ace_40.07 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-ace_40.08 13 13 -- 13 13 13 13 13 13
simp-ace_40.09 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.01 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.02 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.03 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_45.04 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.05 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_45.06 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.07 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_45.08 13 13 13 -- 13 13 13 13 13
simp-ace_45.09 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.01 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.02 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-ace_50.03 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.04 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.05 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.06 13 13 13 -- 13 13 13 13 13
simp-ace_50.07 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.08 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_50.09 13 13 13 13 13 13 13 13 13
simp-ace_5.01 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-ace_5.02 6 6 6 6 6 6 6 6 6
simp-ace_5.03 5 5 5 5 5 5 5 5 5
simp-ace_5.04 7 7 7 7 7 7 8 7 7
simp-ace_5.05 6 6 6 6 6 6 7 6 6
simp-ace_5.06 7 7 7 7 7 7 7 7 7
simp-ace_5.07 7 7 7 7 7 7 7 7 7
simp-ace_5.08 4 4 4 4 4 4 5 4 4
simp-ace_5.09 7 7 7 7 7 7 7 7 7
simp-b2ar_10.01 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-b2ar_10.02 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-b2ar_10.03 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-b2ar_10.04 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-b2ar_10.05 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-b2ar_10.06 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-b2ar_10.07 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_10.08 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-b2ar_10.09 9 9 9 9 9 9 9 9 9
simp-b2ar_15.01 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_15.02 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_15.03 10 10 10 10 10 10 10 10 10
simp-b2ar_15.04 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_15.05 8 8 8 8 8 8 8 8 8
simp-b2ar_15.06 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_15.07 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_15.08 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_15.09 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_20.01 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_20.02 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_20.03 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_20.04 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_20.05 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_20.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_20.07 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_20.08 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_20.09 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.01 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.02 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.03 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.04 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.05 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.07 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_25.08 11 11 11 11 11 11 11 11 11
simp-b2ar_25.09 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.01 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.02 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.03 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.04 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.05 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.06 12 12 12 12 12 12 12 12 12
simp-b2ar_30.07 12 12 -- -- 12 12 12 12 12
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simp-b2ar_30.09 12 12 12 -- 12 12 12 12 12
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